DETEKSI GENOMIC REPEATS MENGGUNAKAN ALGORITMA KNUTH-MORRIS-PRATT PADA R HIGH-PERFORMANCE COMPUTING PACKAGE
Proses pencarian pattern pada string untuk menemukan perulangan pasang basa pada sebuah sekuens Deoxyribonucleic Acid (DNA) membutuhkan waktu yang cukup lama. Penelitian ini membuat sebuah model komputasi paralel untuk melakukan sebuah pencarian pattern pada string dengan memodifikasi dan mengimplem...
Saved in:
| Main Author: | |
|---|---|
| Format: | Academic Paper |
| Published: |
2017-08-23.
|
| Subjects: | |
| Online Access: | http://repository.upi.edu/31668/ |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Summary: | Proses pencarian pattern pada string untuk menemukan perulangan pasang basa pada sebuah sekuens Deoxyribonucleic Acid (DNA) membutuhkan waktu yang cukup lama. Penelitian ini membuat sebuah model komputasi paralel untuk melakukan sebuah pencarian pattern pada string dengan memodifikasi dan mengimplementasikan algoritma Knuth-Morris-Pratt pada R High-Performance Computing package bernama pbdMPI untuk data sekuens DNA manusia yang diunduh dari lama resmi Ensembl. Hasil penelitian ini menunjukkan adanya percepatan yang sangat signifikan antara penggunaan stand alone dan penggunaan parallel computing dengan 2 cores, 4 cores, 8 cores. Penelitian ini juga membuktikan bahwa jumlah iterator yang semakin besar tidak beriringan dengan waktu komputasi yang lebih baik pula.----------- Pattern searching in string proccess to find repeating base pairs in Deoxyribonucleic Acid (DNA) sequences take a long time. This research builds a parallel computing model to search pattern in string by modifies and implements Knuth-Morris-Pratt algorithm on R High-Performance Computing Package pbdMPI for human DNA sequences from Ensemble site. The result shows a signifcant accleration between stand alone and parallel computing by 2 cores, 4 cores and 8 cores. This research proves that the higher value of iterator is not equal with better computation time |
|---|---|
| Item Description: | http://repository.upi.edu/31668/1/S_KOM_1303465_Title.pdf http://repository.upi.edu/31668/2/S_KOM_1303465_Table_of_Content.pdf http://repository.upi.edu/31668/3/S_KOM_1303465_Abstract.pdf http://repository.upi.edu/31668/4/S_KOM_1303465_Chapter%201.pdf http://repository.upi.edu/31668/5/S_KOM_1303465_Chapter%202.pdf http://repository.upi.edu/31668/6/S_KOM_1303465_Chapter%203.pdf http://repository.upi.edu/31668/7/S_KOM_1303465_Chapter%204.pdf http://repository.upi.edu/31668/8/S_KOM_1303465_Chapter%205.pdf http://repository.upi.edu/31668/9/S_KOM_1303465_Bibliography.pdf |